La parroquia de Chongos, inicialmente abarcaba Chongos Alto y Chongos Bajo con los anexos de Carhuacallanga y Colca, en 1867 en la demarcación de las diócesis se divide en dos, la de Chongos y Santo Domingo de Colca. En 1900 con una nueva demarcación se formarían 3 parroquias: Chongos Bajo, Chongos Alto y Colca.

La iglesia actual fue construida inicialmente como una capilla para facilitar las labores de evangelización en la zona del Canipaco durante las primeras décadas del siglo XVII; en 1810 se edificaría la primera iglesia en el poblado hasta ese entonces llamado Chongos Viejo que posteriormente fue reconocido como distrito de Chongos Alto en 1907.

Según referencias locales y evidencias fotográficas, hasta el año 1940 la iglesia mantenía una torre de piedra con una nave central hecho de tapial rematado con un techo a dos aguas cubierto con ichu (paja) y tejas artesanales. Frente a la iglesia se extendía un atrio en la que se ubicaba el Cani Cruz que hoy en día ha quedado en el lado sur oeste de la plaza. La torre y el frontis han sido remodelados en el año 1970 mediante el trabajo comunal del pueblo siendo alcalde Don Raúl Rodríguez, quedando con un estilo moderno, como es actualmente.

En el interior destacan las vigas, cumbreras, tirantes y listones de eucalipto, colle y quinual que soportan el techo; su altar mayor es de tipo retablo, de estilo neoclásico distribuido en 3 calles y 2 cuerpos trabajados en madera y yesería con detalles en pintura al fresco. Su calle central está dedicada a la Inmaculada Concepción como imagen central, en su parte inferior se ubica la imagen del Sagrado Corazón de Jesús, en sus calles laterales se encuentran las imágenes de Santa Rosa de Lima, San Antonio de Padua y otros.

Sus muros laterales están cubiertos con frescos realizados por el artista huancaíno Josué Sánchez Cerrón, encargado por el párroco Carlos Laguish en el año 1973. Para realizar el mural, el artista pidió el apoyo de cinco pobladores locales de distintas edades: un adulto mayor, un adulto entre los 40 y 50 años y tres jóvenes. El primero aportó información sobre las costumbres locales y actividades de la vida cotidiana; el segundo brindo datos relativos a la población de su momento y los tres jóvenes pintaron las escenas previamente delineadas por el artista; en ella plasma su estilo neofigurativo mediante la técnica del acrílico sobre muro mostrando escenas de la biblia en sincretismo con la cosmovisión andina, ofreciendo una visión distinta, totalizadora y colorida del evangelio en un área de 350 m2.

Sus pinturas guardan estrecha relación con los mates burilados de Cochas Grande evidenciadas en el predominio de las líneas curvas sobre las rectas, ausencia del uso de la perspectiva, figuras planas bidimensionales y el predominio de escenas agrícolas, ganaderas, fiestas locales y tradiciones comunales propios de la zona. Se muestran 26 escenas cristianas del antiguo y el nuevo testamento, destacan el Genesis del mundo, la torre de Babel, el nacimiento de Jesús y la última cena. Resaltan los elementos propios del valle del Canipaco, como la conversión de agua en chicha de jora en las bodas de Canaán, la tierra prometida mostrando al valle del Canipaco, el uso ancestral de la vara de mando y el poncho de los Varayoc y otras costumbres de la zona.