Esta hermosa obra de arte fue intencionalmente incendiada hasta en tres oportunidades en el año de 1900 salvándose únicamente los cuatro retablos laterales de estilo barroco que aún pueden apreciarse hoy en día. Fue restablecida en 1905 sobre los anchos muros de piedra espuma y la misma forma de cruz latina de 45 m de largo por 10 m de ancho, siendo guardián el P. Policarpo Bengoechea, bajo la dirección del Hno. Fray Vicente Rovira y el arquitecto y decorador italiano Pedro Marcuchi.

El altar mayor es estilo renacentista, en su parte central y presidiendo la iglesia se encuentra la imagen de la Virgen Inmaculada Concepción, acompañada del símbolo de la Eucaristía y santos franciscanos. Consta de dos esbeltas torres y una hermosa cúpula de estilo renacentista, como toda iglesia que tiene doble bóveda de ladrillo. La cúpula, ubicada en el centro del crucero está decorada con ocho cuadros de vivos colores alegóricos a Cristo, a la Virgen y a la obra misionera de Ocopa, las mismas que fueron ejecutadas por el artista español Juan Cabanas en 1959.

En la sección destinada al coro se encuentra un órgano alemán que data de 1905, el mismo que resuena sonoramente en la iglesia. Ingresando por la sacristía de la iglesia y debajo del altar mayor, se encuentran las catacumbas que albergan los restos de padres franciscanos quienes en ese entonces eran sepultados bajo tierra; recién a partir del año 2010, al fallecimiento del Padre Pio Sarobe, quien expiró con fama de santo (por cuya razón su tumba era muy visitada), se implementaron nichos tal como se observa actualmente.

En el año de 1980 los restos del Padre Pio Sarove fueron trasladados a una especie de capilla al interior de la iglesia, la misma que se encuentra ingresando a la mano izquierda. Existe, también un antiguo cementerio que se ubica a un lado de la iglesia, donde se encuentran sepultadas algunas personalidades de la región.

En el exterior y frente a la iglesia se encuentra un pedestal que sostiene la imagen de la Virgen María tallada en mármol blanco de Carrara, erigida en 1954.